C 17 мая 2001 года, приказом ректора ФГОУ ВПО БГСХА им. В.Р. Филиппова Попова А.П. в составе академии было создано структурное подразделение Агротехнический колледж. Колледж взял на себя обязанность по подготовке специалистов среднего звена, т.к. в республике образовалась нехватка специалистов со средним специальным образованием.
В первый год работы в колледже обучались 79 студентов. Агротехнический колледж вел обучение по четырем основным образовательным программам среднего профессионального образования: «Правоведение», «Экономика и бухгалтерский учет», «Землеустройство», «Государственное и муниципальное управление».
С 2010 года колледж начал подготовку студентов по специальности «Туризм», в связи с потребностью в Республике Бурятия специалистов в сфере туризма.
В 2010 года Министерство сельского хозяйства впервые выделило 70 бюджетных мест по специальностям Туризм, Землеустройство, Экономика и бухгалтерский учет.
Если до 2011 года студентами программ СПО в основном были ребята – выпускники школ Республики Бурятия, Забайкальского края, Иркутской области, то с 2011 года колледж расширил свою географию набора студентов. С 2011 года провели первый набор абитуриентов из Республики Тыва.
С 2015 года для развития и сотрудничества международной деятельности колледж провел набор иностранных граждан из Монголии. Сейчас в колледже обучается на разных специальностях 17 граждан Монголии.
За время своего существования колледж выпустил более 3000 тысяч специалистов различных специальностей.
Сегодня колледж осуществляет подготовку специалистов среднего профессионального образования по следующим специальностям: «Агрономия», «Ветеринария», «Зоотехния», «Землеустройство», «Механизация сельского хозяйства», «Туризм», «Экономика и бухгалтерский учет».
В колледже учебный процесс осуществляет профессорско-преподавательский состав академии, среди которых доктора и кандидаты наук. Хорошая учебно-материальная база с современными техническими средствами обучения, что обеспечивает необходимые условия для глубокой теоретической и практической подготовки студентов.
Тесное сотрудничество студенческой общественности программ ВО и СПО, совместное проведение мероприятий, спортивная жизнь, позволяют в условиях небольшого вуза позволяет студенту колледжа в последствии легко адаптироваться к требованиям высшей школы.
Основной задачей колледжа является подготовка специалистов, обладающих высокими профессиональными навыками, адаптированных под современные задачи.