Основные задачи научной деятельности определяются направленностью Академии на подготовку специалистов для науки и сельского хозяйства.
Наиболее важными задачами в этом направлении являются:
Основными формами научно-исследовательской работы являются фундаментальные и прикладные исследования. В научных исследованиях участвуют сотрудники кафедр Академии. В научных исследованиях принимают участие не только ППС, но и аспиранты, соискатели и студенты академии.
Научно-исследовательская и инновационная деятельность академии организуется управлением научных исследований и инноваций, общее руководство осуществляется проректором по научно-исследовательской работе.
Тематическая направленность научных исследований, выполняемых в академии, охватывает многие области знаний и по характеру научно-исследовательских работ превалирующая роль принадлежит исследованиям прикладного характера.
В данное время научные исследования выполняются согласно программе фундаментальных и прикладных исследований по научному обеспечению развития агропромышленного комплекса в Байкальском регионе на 2018-2023 годы по следующим проблемам:
Проблема I. Системы аграрного землепользования и лесного хозяйства в Байкальском регионе.
Проблема II. Агроэкологическое зонирование земель сельскохозяйственного назначения, анализ природно-климатических условий Байкальского региона, мониторинг взаимодействия человека в системе биота-среда, комплексная оценка, учет земель и иной недвижимости на основе использования данных дистанционного зондирования Земли.
Проблема III. Разработка инновационных технологий производства и переработки сельскохозяйственной продукции на основе сохранения и использования генофонда аборигенных и заводских пород в экологической зоне Байкальского региона.
Проблема IV. Обеспечение ветеринарно-санитарного благополучия для получения качественной и безопасной продукции животного происхождения в Байкальском регионе.
Проблема V. Инженерно-техническая и технологическая модернизация, инновационное развитие системы АПК РБ.
Проблема VI. Социально-экономические, исторические условия формирования и развития АПК и сельских территорий Байкальского региона.
Конечным результатом научно-исследовательской деятельности являются новые знания, отраженные в монографиях, статьях, объектах интеллектуальной собственности, новых технологиях и т.д. Научные разработки ФГБОУ ВО Бурятской ГСХА носят и прикладной характер, направленный на совершенствование и дальнейшее развитие агропромышленного комплекса, а также на обеспечение населения республики качественной и экологически безопасной сельскохозяйственной продукцией. Научные достижения также позволяют обеспечить подготовку высококвалифицированных научно-педагогических кадров – кандидатов и докторов наук.